Bioinformática, Ciencias de la Vida

Herramientas disponibles para alineación de secuencias, estimación  de filogenias y simulación de tomografías:

ClustalWClustalW: Es una herramienta para alineación de multiples secuencias de proteinas o nucleotidos. la alineación es alcanzada a traves de tres pasos: alineación por pares, generaci'ón "guide-tree" y alineación progresiva.

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GateGATE: (Simulación en tomografía de emisión de scans preclinicos y clinicos) es un avanzado software opensource desarrollado por la colaboración internacional OpenGate, dedicado a la simulación numérica para imágenes médicas. Actualmente soporta simulaciones de Tomografías por Emisión  (Positron Emission Tomography - PET y Single Photon Emission Computed Tomography - SPECT), y Tomografias Computarizadas (Computed Tomography - CT). Ver sitio Web de  GATE para más información.

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GROMACS: GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles.

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G HMMER: HMMER is used for searching sequence databases for homologs of protein sequences, and for making protein sequence alignments. It implements methods using probabilistic models called profile hidden Markov models (profile HMMs).

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jModelTest: it is a program to estimate the evolutionary relationships between DNA sequences obtained from different individuals or specie.

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MrBayesPhylogenetics (MrBayes). Es un programa para estimación Bayesiana de filogenia. La inferencia Bayesiana de filogenia es basada en la distribución de probabilidad de arboles, que es la probabilidad de un arbol condicionada a las observaciones. Las condiciones son alcanzadas usando el teorema de Bayes. Ver sitio de Mr. Bayes para información y manuales

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ProtTest: ProtTest was the first program developed for the selection of best-fit models of protein evolution. It is an open source java program (http://darwin.uvigo.es) to find the best model of amino acid replacement for a given protein alignment.

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